La organización del Instituto, se recoge en el reglamento del mismo (Art. 6-8), quedando definido su organigrama del siguiente modo:
Se consideran miembros del Instituto:
- Personal investigador fundador, integrado por aquellos profesores investigadores de la Universidad, adscritos al Instituto en su creación;
- Profesores y personal de éste y otras Universidades y Centros de Investigación nacionales o extranjeras que soliciten su incorporación a título individual o corporativo, admitidos por el Consejo;
- Graduados y postgraduados en formación en régimen de becas temporales;
- Personal Técnico, de Gestión, de Administración y Servicios (PTGAS) necesario para el cumplimiento de los fines del Instituto;
- Personal contratado (administrativo o técnico) con carácter temporal adscrito a un programa o proyecto concreto;
- Personal investigador con carácter de visitante temporal (nacional o extranjero) adscrito a un programa o proyecto concreto.
Dado el carácter interdisciplinario y la vocación interuniversitaria e internacional del IUCTC, y para el adecuado cumplimiento de sus fines, se organiza básicamente en Unidades o Divisiones. Cada Unidad o División tiene autonomía de gestión, dentro de los límites y condicionantes administrativos y legales, dado que la planificación y coordinación global es realizada por el Consejo del Instituto, a propuesta de la Comisión Ejecutiva y del Director.
La Unidad o División es la entidad básica de organización y desarrollo de la investigación y formación del personal investigador. Cada Unidad o División estará formada por al menos tres investigadores doctores numerarios o equivalentes, y cuya constitución o disolución debe ser acordada, en todo caso, por el Consejo del Instituto, a propuesta de los órganos directivos o por iniciativa de la propia Unidad o División.